২০১৩ সালে শাপলা চত্বরে অগ্নিসংযোগ-ভাঙচুরের ঘটনার মামলা ও সম্প্রতি মোদিবিরোধী সহিংসতার মামলায় তাকে গ্রেফতার করা হয়। তার গ্রেফতারের বিষয়টি সংবাদমাধ্যমকে নিশ্চিত করেছেন ঢাকা মেট্রোপলিটন গোয়েন্দা (ডিবি) পুলিশের যুগ্ম কমিশনার মো. মাহবুব আলম।

তিনি বলেন, রাজধানীর আগারগাঁও এলাকা থেকে সন্ধ্যায় হেফাজতের নায়েবে আমির অধ্যাপক আহমদ আবদুল কাদেরকে গ্রেফতার করা হয়েছে। অধ্যাপক আহমদ আবদুল কাদের ‘ছাত্রশিবিরের কেন্দ্রীয় সভাপতি’ ছিলেন। এছাড়া তিনি ২০ দলীয় জোটের শরিক খেলাফত মজলিসের মহাসচিব।